终章在时轮空间：「娜迦之怨斩破了时之壁障，觉醒为亚特兰蒂斯之怨！让我们冲进时轮空间，扼杀古越疯狂的计划吧！！」进来之后是连着几场 BOSS，中间没有喘息的空档。
第一场：沈克罗。拿无辜百姓做实验的那位，见面就是「莉夏小姐你让我等得好苦……」。这一段没有机关、没有走位，硬碰硬把本体打掉就行。
第二场：平日京。他一句「古越被我杀了」把台面上的棋子掀了——古越只是明面上的那个人，真正的操盘手是平日京与水之尊者。
中间这段是剧情：水之尊者。她的真身是「一百年前的女英雄晴雪」——也是亚特兰蒂斯的旧人。这一段交代了水之尊者为什么会站到对面。
随后登场：斯贝斯与奥梅利嘉。这两位把「时轮」这条线的来龙去脉补完，是终章信息量最大的一段。
最终一战。「平日京执意要运行时轮，最终之战，彻底摧毁他邪恶的念头吧！！」——打到这里莉夏会喊「赶紧散开」，平时攒的保命手段该用就用；打完这一场，全图收尾。
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